法律分析：合作医疗是公司交还是自己交，取决于是否与公司签订劳务合同。在职期间与公司签订正规劳务合同，用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记，缴纳五险一金，合作医疗包含在五险内，因此合作医疗由公司进行缴纳；如果没有签订劳务合同，隶属于劳务派遣工，合作医疗需自己缴纳。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第五十 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。
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